2004年に労使で検討した結果以下の考え方で賃金（基本給・手当）を設計しています。
組合員の理解
「限りあるもの」として適正な分配、節度ある上限
生活とはたらきがいへの配慮
わかりやすさと単純さ（明瞭性、納得性、公平性、容易、低コスト）
基本給
＝一律給 国の標準生計費等をもとに年齢に応じて支給する。
（一般で言う年功型賃金、年齢に応じた生活保障、年齢に応じて役割・貢献度が上昇することを期待している）
家族手当
＝扶養家族1人につき一律16,500円支給（第2子以降も同額）
※当時8割以上についていた住宅手当は一律給に吸収している。
職務手当
＝役付給 ポスト、役割に応じた手当
主任、店長、エキスパート職、専務理事等
残業手当
＝法定割増率で労働実績の申告により1分単位で支給。
管理職の店長は30,000円固定支給。30,000円を超えた残業時間分は1分単位で加えて支給（計算は残業代単価×残業時間で計算）
賞与
＝年2回、予算時設定金額で支給。経営状態を加味し変動。
※定期昇給実施、賃金改定（ベア等）の有無、賞与金額は労働組合との交渉妥結結果で決定。
基本給＝一律給 年齢別賃金カーブ（月例給与）
年齢別基本給（一律給）年収（2017年度実績 賞与3.4カ月）
一律給（年功賃金）のみの年収試算（単位：円）／年収試算（賞与は2017年度実績3.4カ月）
| 年齢 | 月例給与 | 年収 |
|---|---|---|
| 22 | 210,100 | 3,235,540 |
| 25 | 224,100 | 3,451,140 |
| 30 | 249,100 | 3,836,140 |
| 35 | 278,100 | 4,282,740 |
| 40 | 303,100 | 4,667,740 |
| 45 | 328,100 | 5,052,740 |
| 50 | 352,100 | 5,422,340 |
| 55 | 368,100 | 5,668,740 |
実在者年収例
実在者年収例
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| 年齢 | 勤続 | 職位 | 一律給 | 役付給 | 家族手当 | 年収試算 一時金年間 3.4カ月 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 26 | 4 | 主任（2級） | 229,100 | 10,000 | 0 | 3,682,140 |
| 32 | 9 | 店長（4級） | 254,100 | 60,000 | 16,500 | 5,091,240 |
| 41 | 13 | 専務理事（11級） | 303,100 | 90,000 | 49,500 | 6,816,040 |
2・4級職は残業代をつけている。※実際にはこの年収試算に残業代を加えた分が年収となります。
所定労働時間について
大学の学事に合わせて営業・就労をします。一般の小売・飲食は年間2,000時間前後ですが、大学生協では1,800時間（東大生協のみ営業日が多い為1,850時間、50時間分の手当をだしています）。繁忙期・閑散期の差が激しいので、1年単位の変形労働制度（1日6～8時間）で運用しています。休日予定含め年間カレンダーで計画します。
休日について
土曜日営業がある店舗、ハッピーマンデーでの授業対応、オープンキャンパス等学事がある場合は交代シフトで営業します。その為完全週休2日になっていません。前述をのぞき、土曜日は交代勤務、日曜日・祝祭日は基本的に休みです。平均月6日～7日の休日です。